1、产生生物黏泥，从而造成管线、设备及冷却塔的堵塞和结垢，降低换热器的传热效率和冷却塔的冷却效率；
2、生物黏泥粘在金属表面上，成膜缓蚀剂难以成膜。同时菌藻的新陈代谢会造成磷系缓蚀阻垢剂的分解，造成药剂失效；
3、微生物自身生长繁殖会产生各种类型的酸，如硫细菌产生硫酸、硝化细菌产生亚硝酸和硝酸等。上述酸都会造成腐蚀，形成垢下腐蚀。
在循环水系统中须控制微生物的生长繁殖，行之有效的方法就是投加杀菌剂。据不完全统计，目前国内应用在工业循环水处理的杀菌剂有近百种，其可大致分为两大类：氧化性杀菌剂和非氧化性杀菌剂。氧化性杀菌剂主要为卤素类杀菌剂和某些过氧化物等；非氧化性杀菌剂品种繁多，功能各异。