反渗透膜污染的因素多种多样（如：有机物污染；胶体污染；化学结垢；操作不规范引起的污堵；预处理系统故障等），想要有效的解决污染应当明确造成反渗透系统的原因从而采取有效的处理方式。
首先需要结合原水水质的特点加强预处理，投加反渗透专用杀菌剂。从而有效的降低反渗透系统进水污染物，有效降低对反渗透膜污染程度，有效的降低反渗透膜出现污染的发生的概率。
再结合原水中本身存在大量的结垢粒子，为了有效的防止膜结垢，假如水量较大一般情况下使用添加石灰软化的措施，如果水量相对较小能够采取添加酸对进水的酸碱值精心降低，并且投加适当的反渗透阻垢剂的方法进行有效的处理。
反渗透系统在应用阶段，尽管水质能够达到正常需求的标准，并且日常也采取了有效的管理措施，但是反渗透膜会受使用时间的影响进而逐渐的出现膜污染的情况。由于污染物随长时间的积累，运行压力以及跨膜压差的不断的升高，其产水量会受到大幅度的影响，从而导致膜性能不断的衰减。
针对此类情况应当及时的采用清洗的方式进行维护膜组件的状态。对于反渗透膜的清洗通常分为物理形式的清洗和化学形式的清洗。所谓的物理形式的清洗方式指的是对不会对污染
物的性质不会产生影响，经过低压和大流量的水对膜展开有效的清洗，把膜表面的污染物质和沉积物质清洗掉。
如果反渗透膜污堵情况较为严重时，物理形式的清洗方式无法满足清洗的效果则需要使用反渗透膜清洗剂进行清洗。一般情况下，碱性清洗剂会与酸性清洗剂共同使用。