对于饮用水的微生物质量，可能是以检验分析粪源指示微生物，如大肠杆菌或耐热大肠 菌群为基础。对特定病原体的检测主要是在一些特殊情况 下确定疾病暴发是否是水源性的或确定ｗｓｐ是有效的。埃希氏大肠杆菌（ 犈狊犮犺犲狉犻犮犺犻犪 犮狅犾犻 ）是粪便污染的指示菌，它不应在饮用水中出现。在某些情况下，可使用其他指标，如噬 菌体或细菌的孢子。
然而，水质可能变化很快，所有的供水系统都有可能偶尔发生故障。例如，降雨可以大 大增加水源水中微生物的污染程度，水源性疾病常在雨后暴发。在解释分析检验结果时应 考虑到这类问题。