医院和医疗卫生机构排出的含有大量病菌、病毒和其他有毒有害物质的医疗废水。按医院性质可分为传染病医院废水和综合医院废水；按废水成分可分为有放射性医院废水、废弃药物医院废水、含量金属离子医院废水。
医疗废水处理流程如下：
预处理 一级处理 二级处理 深度处理 消毒 出水
改变医院废水水质的过程。主要是杀灭废水中的致病微生物。为了提高消毒效果，在消毒前可对废水进行预处理，包括一级和二级处理。
1.消毒：
医疗废水消毒处理方法有氯化法、臭氧法、紫外线消毒法。氯化法消毒中主要有液氯法、投氯酸钠和二氧化氯法等三种。
为消灭废水或污泥中的病原体或使之灭活而进行的处理过程。分为废水消毒和污泥消毒。
医院废水处理主要是消毒，即杀灭病原体。医院废水的水质十分复杂，一般随着用水量的增大，相应的污染物浓度也越来越高，医院废水处理流程应尽可能设调节池，调节池不但可以调节水量，消灭高峰负荷，并可以调节水质，使其处理效果不会因水质变化而受到干扰二氧化氯消毒剂的投加点一般选择在调节池之后。浮选沉淀后经消毒池（由二氧化氯混合发生器制备的消毒剂）进行消毒后，达标排放。自发浮选沉淀池的剩余污泥排入调节池，调节池和接触氧化池的污泥打入污泥消化池进行好氧消化处理可达标排放。
2.接触氧化 沉淀 消毒
好氧生化处理单元去除codcr、bod5等有机污染物，好氧生化处理可选择接触氧化、活性污泥和好氧处理工艺，如膜生物反应器、曝气生物滤池等工艺。
采用具有过滤功能的好氧处理工艺，可以降低悬浮物浓度，有利于后续消毒。膜生物反应器将膜分离技术与生物处理技术相结合的一种全新废水处理技术主要由生物处理装置曝气池和膜分离组件组成废水中的绝大部分有机物被微生物所分解膜分离组件将混合液中直径大于膜孔径的微粒和微生物截留下来得到可作为力水回用的处理出水或合格的排放水。
3.一级接触氧化 一级沉淀 二级接触氧化 二级沉淀 消毒
废水经提升后进入混凝沉淀池进行混凝沉淀，沉淀池出水进入接触池进行消毒，接触池出水达标排放。调节池、混凝沉淀池、接触池的污泥及栅渣等废水处理站内产生的垃圾集中消毒外运。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
4.工艺选择原则
采用技术先进，运行可靠，操作管理简单的工艺，使先进性与可靠性有机地结合起来。 利用节能的治理工艺，极大地降低工程运行费用。 采用成熟的先进技术工艺，有效控制工艺造价。废水处理工艺以处理效果好，动力消耗低，运行稳定，管理方便的生化法为主；主要处理设备选用、运行稳定、操作维护容易的设备，以提高废水处理效果、降低处理费用，使废水处理后达到排放标准的要求。