畜禽养殖污染治理遵循“资源化、减量化、无害化”原则，优先推荐种养结合、场 户结合的治理模式。沼气工程须建设沼渣、沼液处理设施，充分利用附近农田进行消纳。
集中式治理模式
（1）区域内已建有大型规模化畜禽养殖场的项目，应依托养殖场建设粪便堆肥设施和 收集设施，养殖散户配备干湿分离机。废水处理应建设厌氧处理设施，亦可依托现有户用沼 气池和污水沼气净化池等改造建设。
（2）采用“养殖入区（园）”治理模式的项目，按照可供利用的土地面积和产业化运作 条件，选择建设大中型沼气处理设施或“堆肥 废水处理”设施。
（3）采用区域治理设施共建共享模式的项目，重点建设以堆肥厂为核心的粪便收集、 集中处理设施和以户用沼气（沼气净化池）为主的废水分散处理设施。堆料场容积一般需能 容纳 10 天以上粪便量，同时必须建设防雨、防泄漏设施；贮存塘容积按照计划收集进入堆 肥厂的粪便量、日收集粪便量、降雨情况等确定。受发酵场地、时间、运输等因素限制，一 般应至少设置容纳 6 个月产生量的贮存设施；发酵池采用一次性发酵工艺的，发酵周期不宜 少于 30 天；采用二次性发酵工艺的，一级发酵和二级发酵的发酵时间均不宜少于 10 天，实 际堆肥时间根据 c/n、湿度、添加剂等确定。
分散式治理模式
以单户或多户为治理单元的畜禽养殖污染治理项目，主要是配置粪便清扫工具、收集车、 户用沼气池（沼气净化池）、小型堆肥设备等。