所有的化学消毒剂都会产生令人关注的有机或无机的消毒副产物问题。
由于对类似腐殖酸等天然存在的有机前体物的氯化作用，三卤甲烷类（ｔｈｍｓ）、卤乙酸 类（ｈａａｓ）、卤代酮类和卤乙腈类物质是加氯消毒主要产生的消毒副产物（ｄｂｐｓ）。与自由 氯相比，氯胺消毒产生较少的ｔｈｍ，但会形成其他的消毒副产物，如氯化氰。
臭氧和自由氯都可以氧化溴化物产生次 卤酸，次卤酸进一步和前体物反应生成溴代 三卤甲烷。同时包含醛类以及羧酸类在内的 很多其他消毒副产物也可能由此过程生成。 其中由溴化物氧化生成的溴酸盐危害非常 大。虽然溴酸盐也可能随次氯酸盐进入水体，但是这样来源的溴酸盐在最终出水中的浓度 水平都低于准则值。
亚氯酸盐和氯酸盐是使用二氧化氯消毒产生的主要消毒副产物，是不可避免的分解产 物。次氯酸盐也会在放置一段时间后转化为氯酸盐。
为减少ｄｂｐｓ浓度可采纳的基本策略是：
● 改变处理工艺条件（包括在处理前预先去除前体物）；
● 使用与水源水反应较少生成消毒副产物的其他化学消毒剂；
● 使用非化学消毒方式；
● 在供水前去除消毒副产物。
１）改变处理工艺条件
通过在与氯接触之前去除前体物的方式———例如设置混凝装置或强化混凝（通常采用 加大混凝剂投量或降低混凝时水的ｐｈ值的方式），可有效控制氯化过程中生成的ｔｈｍｓ。 在不影响消毒效率的前提下，减少加氯量也可以减少消毒副产物的生成。
加氯接触过程中水的ｐｈ值影响氯化消毒副产物的分布情况。降低ｐｈ会降低ｔｈｍ 的浓度，但会增加 ｈａａ的生成。反之，升高ｐｈ 可降低 ｈａａ的量但会增加 ｔｈｍ 的 生成。
臭氧氧化过程中形成的溴酸盐与水中溴化物的浓度，臭氧的浓度以及ｐｈ等一些因素 有关。从原水中除去溴化物是不切实际的，同时想要去除已经形成的溴酸盐也是比较困难 的，尽管某些文献指出在特定的情况下颗粒活性炭滤池可有效地去除溴酸盐。采用降低臭 氧投量，降低接触时间以及降低残余臭氧浓度等方式可以尽可能地减少溴酸盐的形成。在 较低ｐｈ值下（如ｐｈ为６．５）进行臭氧接触并在接触后提高ｐｈ以及加氨也可有效降低溴酸 盐的形成。臭氧过程中投加过氧化氢既可能增加又可能减少溴酸盐的形成，这取决于投加 的实际以及当地的处理工艺条件。
２）更换消毒剂
更换消毒剂是一种潜在可行的实现消毒副产物准则值的途径。此方法可行的程度取决 于原水的水质和已使用的处理工艺（如对前体物的去除）。
用氯胺取代氯可能是有效的方式。氯胺可以在管网系统中提供有效的余氯量，减少 ｔｈｍｓ的生成以及抑制管网系统中消毒剂和有机物的进一步作用。尽管氯胺可以保证管网 系统中有稳定的余氯残留，但氯胺消毒能力较弱，不应作为主要的消毒剂使用。
尽管二氧化氯不能如自由氯一样产生余氯，其仍可考虑作为自由氯以及臭氧消毒的潜 在替代品。二氧化氯消毒的主要问题在于较低的二氧化氯剩余浓度以及亚氯酸盐、氯酸盐 消毒副产物问题。控制加入处理设备中的二氧化氯剂量可解决这些问题。
３）非化学消毒方式
紫外照射（ｕｖ）以及膜处理工艺是可用来替代化学消毒的工艺。ｕｖ可以良好地灭活 对自由氯消毒有较强抵抗能力的隐孢子虫（犆狉狔狆狋狅狊狆狅狉犻犱犻狌犿）。由于上述两者均没有残留 消毒效应，一般认为可再添加小剂量作用持久的消毒剂，如氯或氯胺，以在供水过程中起防 护作用。
４）配水前去除消毒副产物
配水前除去消毒副产物在技术上是可行的，但这是在控制消毒副产物浓度上最不得已 的选择。消毒副产物的控制方式包括源头控制、前体物去除和选择其他的消毒剂。消毒副 产物的去除方式包括吹脱、活性炭、紫外照射以及高级氧化。但这样的工艺后还需进一步的 消毒来消除微生物污染以及保证管网系统中有足够的残余消毒剂。