水处理应尽可能防止微生物生长，防止管道材料腐蚀和预防形成沉积物。
保持配水系统中良好的水质，要依靠该系统的设计和操作，也要依靠维护和检查，以防 止污染并去除内部沉积物的积累。
１）有害物识别
保护输配水系统对提供安全饮用水十分重要。输配水系统可能包括很多千米长的管 道、储水罐与工业用户的交叉口，输配水系统还有被损毁和破坏的可能性，还存在微生物和 化学物质污染的机会。
当输配水系统内发生肠道病原体或者有害化学物质污染时，消费者便很可能暴露于这 些危害中。比如病原体的侵入，即使尚有残留的消毒剂能限制微生物生长，但可能不足以克 服污染，或对进入的部分或全部类型的病原体无效。最终存留的病原体可能引发感染并 致病。 在间歇性供水地方，低水压会使污染水通过管道破损、裂缝、连接处和微孔进入系统中。 我们不希望采用间歇供水，但这在许多国家却很普遍，而且经常导致污染事故。
在间歇供水 过程中控制水质问题是一大难题，因为渗透和回流的危险性显著增加。这种危险性可能因 季节变化而增高，土壤湿度可能增加土壤和管道之间的压力梯度。在间歇性供水中若污染 物进入管道，当恢复供水时，给系统补充的水会增加消费者的危险性。可以预料，被污染的 水会给该供水系统一次集中的冲击。当使用家庭储水来克服间歇供水的问题时，局部加消毒剂以减少微生物增殖的做法可能对安全是有保证的。
进入输配水系统的饮用水可能含有非寄生的阿米巴原虫和各种异养细菌的环境品系以及 真菌。在适宜的条件下，阿米巴和异养菌，包括柠檬酸杆菌、肠杆菌和克雷伯杆菌，可能在输配 水系统中生长并形成生物膜。现在还不能证明在生物膜上的大多数微生物（军团菌例外，能 在建筑给水系统中繁殖）会通过饮用水对一般人群的健康产生不良作用，但也可能对严重免 疫受损的人来说是例外。
输配水系统中的温度和营养物浓度一般不会达到能支持生物膜上大肠埃希氏菌（或肠 道病原菌）的生长。因此，大肠埃希氏菌的存在是新近受到粪便污染的证明。
自然灾害，包括洪水，干旱和地震会严重影响管网输配水系统。
２）控制措施
进入输配水系统的水必须在微生物方面是安全的，理想的应该在生物学上也是稳定的。 输配水系统本身必须对输送给用户的水提供一道防污染的安全屏障。保持整个输配水系统 中有消毒剂残留可以防止再污染，并限制微生物生长。已证明加入氯胺能成功控制长距离 管线的沉积物中和水中的福氏耐格里阿米巴原虫，并可能减少建筑物内军团菌再生长。
残留消毒剂可对微生物污染提供部分防护，但它也可能掩盖本应由常规粪便指示菌，如 大肠埃希氏菌等污染指示菌的检出，特别是对抵抗力强的生物体的检出。当输配水系统中 残留消毒剂时，应该考虑如何使产生的消毒副产物减至最低。
输配水系统应该完全密闭，储水池和水罐应保证有顶盖并有外部排水以防污染，并避免 短路。水的储存和配送中均要防止水的停滞不动，以免微生物生长。有许多措施可用来保 持输配水系统内的水质，包括采用防止回流装置、保持整个系统正压和实施有效维护等。用 适当安全措施来防止未经准许的接触和干扰饮用水系统的基础设施。
控制措施还包括采用更稳定的二级化学消毒剂（如氯胺替代游离氯），制订管道更换规 划，冲洗和维修，保持输配水系统正压等。避免水在储水罐、在回路和末端停滞不动，减少水 在系统中的停留时间，这些对维护饮用水水质也是有好处的。