１)有害物的识别
了解原水水质变化的原因非常重要，因为它将影响对水处理工艺的要求、处理效率以及最终产出饮用水的健康危害性。通常，原水水质受天然因素和人为因素两方面的影响。重要的天然因素包括野生动植物、气候、地形、地质和植被等情况。人为因素包括点源（如废水排放）和非点源（如地表径流）。例如，市政废水排放是病原体的重要来源；城市径流和家畜养殖可以带来大量的微生物污染；人类休闲娱乐活动可以是粪便污染的来源；以及含有农用化学品和肥料的农业径流，这些都可以增加水处理工作的难度。
不论是从地表还是从地下取水，重要的是要了解当地集水区或地下含水层的特征，并要识别引起水污染的根源并加以管理。集水区可能造成污染的活动能减少到什么程度，会受到水源竞争以及集水区开发压力的制约。然而，在土地利用和有害物控制上采用合适的操作往往是可行的，而不必严格限制一些活动。在各利害相关者之间开展合作可能是一种很有力的措施，既可以减少污染又不会减少发展的效益。
水资源和水源保护是保护饮用水水质的第一道防线。当集水区管理工作超出了饮用水供水单位的管辖权限范围时，控制措施的规划与实施就需要与其他机构进行合作。这里包括计划主管部门、集水区、环境和水资源、道路管理部门，处理突发事件机构以及农业、工业和其他商业部门，他们的活动都可能影响水质。也许在开始不大可能开展水资源和水源保护的所有方面，但应优先开展集水区的管理工作。这样，能使多个利益相关机构对饮水资源共同负责，评估污染风险，并制订改进管理工作计划以减少这些风险。
从地下深部承压含水层抽取的地下水，通常在没有直接污染的情况下，其微生物方面是安全的，且化学成分也比较稳定。然而，浅层的非承压含水层可能受到农业活动排放或渗漏产生的污染（如病原体、硝酸盐和农药），以及受到当地卫生设施和污水处理（病原体和硝酸盐）和工业废物的污染。应纳入有害分析及风险评价的有害物和有害情形事例请参见支持文件《水安全计划手册》第４单元及支持文件《为健康保护地表水》（附件１）。
２)控制措施
有效的资源和水源保护包括以下要素：
● 制订和执行集水区管理计划，包括保护地表水和地下水水源的控制措施；
● 制订和执行集水区管理计划，包括保护地表水和地下水水源的控制措施；
● 保证在制订规章时内容包括对水资源的保护（土地利用计划和流域管理），避免潜在的污染活动，并加以强制执行；
● 提高社区成员的认识，意识到人的活动对水质的影响。 当有多个水源可以利用时，可以灵活地选择用哪个水源来处理和供水。这样就可以避免从质量不好的河流中取水（如大雨之后），以减少风险并防止在后续处理过程中可能出现的问题。
在水库中存放的水，由于沉降和灭活作用，包括阳光（紫外线）消毒，可以减少粪便微生物的数量，但也增加了污染物进入水体的机会。大多数来源于粪便的病原微生物（肠道病原体）在环境中不能无限期的存活。实际上肠道细菌经过几周时间将相继死去。肠道病毒和原虫存活时间较长（数周到数月），但常因沉降作用和与土著微生物的对抗而被去除。水的滞留也使悬浮物沉降，使后续的消毒作用更有效并减少消毒副产物（ｄｂｐ）的形成。 地下水水源的控制措施应包括保护含水层和钻孔周围免遭污染，并保证钻孔的完整（地表面加封，套管完整无损等）。