虽然水是微生物、化学或放射性危害的一个来源，但它绝不是唯一的来源。在设定目标 时，还需考虑到其他来源（包括食物、空气、人与人的接触和消费品）以及欠佳的环境卫生和 个人卫生。在那些由于多种接触途径产生的总体疾病负担很高的地方，为饮用水设定严格 的目标没有太大的价值。例如：如果饮用水只提供了某种化学危险品总接触量的一小部 分，那么为这种化学物质设定严格目标的价值就很有限。实现这类目标会造成对其他项目 资金投入的不必要的挤占，给卫生干预造成更大的压力。这些风险来自与各种环境风险源 的接触，这与降低整体风险水平的公共卫生目标不一致。
考虑干预措施对疾病总体发病率的影响也是重要的。对于某些病原体及其相关的疾 病，从水质上进行干预可能难有成效，可能也不合理。在其他接触途径占主导地位的地方可 能就是这种情况。而在其他地方，长期经验表明：改善饮用水供应和水质管理对于水源性 疾病（如伤寒和痢疾）的控制是有效的。
实现健康目标应放在更广泛的公共卫生 政策背景下来看，包括环境卫生、废弃物处理 和个人卫生的改善措施，以及关于减少个人 接触危害和个人活动影响水资源的公共教 育。改善公共卫生、减少病原体携带和降低 人类对水资源的影响都有助于饮用水的安全 。公共卫生优先次序通常表明，应优先处理促成疾病的主要因素，同 时考虑到成本和潜在的干预影响。然而这并不意味着可以忽视那些消耗较少成本就可以简 单达成的次要目标，只要这样不会转移对主要目标的关注。
对于改善饮用水安全，资源分配的一个重要概念是在健全的风险管理系统支持下，可能先 建立一个较为宽松的过渡目标，用来鼓励饮用水质量的渐进式改进。在这方面，健康目标可以 作为支持和衡量水质逐步改善的依据。可以通过制订渐趋严格的健康目标或通过演化出能更 准确反映健康保护要求的健康目标，来促进水质的改善（例如从特定技术目标到性能目标）。
