卫生院污水处理的目标主要为两点：一、有机污染物的去除;二、细菌和病原体的杀灭。因此医院污水的处理设计主要围绕降解去除有机污染物和消毒杀菌展开。卫生院污水具有水质复杂, 水量小且变化幅度大等特点,在医疗机构污水处理工程中有一定的典型意义。根据《医疗机构水污染物排放标准》 18466-2005和卫生院的实际排污情况，一般采用二级处理工艺，即生化 消毒工艺处理医院排放的污水。由于大多数的卫生院不配备完善的污水收集系统，一般采取的经处理之后达标排放，建设小型的污水处理站是目前比较可行的办法。
卫生院污水处理执行的处理标准为《医疗机构水污染物排放标准》 gb18466-2005 中的直排标准：
| 项目 | cod | bod5 | nh3-n | ss | ph | 类大肠菌数目 |
| 标准值 | 60 | 20 | 15 | 20 | 6-9 | 100 |
生物接触氧化法即常见的ao工艺是在生物接触氧化池内装填一定数量的填料，利用栖附在填料上的生物膜和充分供应的氧气，通过生物氧化作用，将废水中的有机物氧化分解，达到净化目的。卫生院污水含有大量的细菌病毒等，须将处理完毕的水进行消毒处理，达标排放。
工艺流程
具体工艺流程图如下图所示：
工艺流程说明
根据国家的相关规定，污水在进行收集之前，粪便等必须进行消毒然后进入化粪池进行处理。污水经化粪池流出进入污水处理站的格栅井，去除颗粒杂物后，再经过调节池，随后泵入生物接触氧化池，进行酸化水解和硝化反硝化，降低有机物浓度，去除部分氨氮，然后入流o级生物接触氧化池进行好氧生化反应，o级生物池分为两级，在此绝大部分有机污染物通过生物氧化、吸附得以降解，出水自流至二沉池进行固液分离后，沉淀池上清水池消毒，清水流入清水池直接达标后回用或外排。
由格栅截留下的杂物定期装入小车倾倒至垃圾场，二沉池中的污泥部分回流至a级生物处理池，另一部分污泥至污泥池进行污泥消化后定期抽吸外运，污泥池上清液回流至调节池再处理。
目前卫生院污水处理还存在很大的问题，因为日常运行费用及维护费用，很多地区卫生院污水处理工程都是面子工程，并未真正的投入使用。同样一部分卫生院污水处理设施由于操作不当等因素同样使污水处理未达到相应的处理标准。因此强化卫生院污水处理监管力度以及卫生院管理人员的环保意识是今后要务。